Có 37 viện và trường đại học ở Kyoto. Kyoto là một trong những trung tâm học thuật của Nhật Bản. 3 trường đại học nổi tiếng lớn nhất là Đại học Doshisha, Đại học Kyoto và Đại học Ritsumeikan. Trong số đó, Đại học Kyoto được xem là một trong những đại học hàng đầu Nhật Bản với nhiều người đoạt giải Nobel như Yukawa Hideki.

Kyoto có một mạng lưới giáo dục bậc cao duy nhất, đó là Liên hiệp các trường đại học của Kyoto, bao gồm 3 trường đại học quốc gia, 5 trường thuộc tỉnh và thành phố, và 41 trường tư thục, cùng với 4 tổ chức khác của thành phố. Liên hiệp không cấp bằng mà cung cấp các khóa học từng phần của bằng cấp tại các trường thành viên.